O ingresso nos cursos de Pós-Graduação Stricto Sensu, ou seja, Programas de Mestrado e Doutorado, acontece por meio de um Processo Seletivo, cujo objetivo é selecionar e classificar candidatos mediante análise de currículo; avaliações escritas e entrevista; proficiência em segundo idioma; avaliação de pré-projeto de pesquisa, entre outros critérios definidos pelos Programas.
A participação no Processo Seletivo Para Ingresso na Pós-Graduação Stricto Sensu – Mestrado destina-se aos candidatos que concluíram o Ensino Superior (até a data da matrícula) em um curso reconhecido pelo Ministério da Educação. Ela será efetivada para os candidatos aprovados e convocados. O ingresso no curso de Pós-Graduação Stricto Sensu – Doutorado destina-se aos candidatos que concluíram curso de Mestrado (até a data da matrícula) em um programa reconhecido pelo Ministério da Educação por meio da CAPES.
Na Unisa, são realizados, normalmente, duas seleções por ano, a depender do preenchimento das vagas. Todo o cronograma de provas está divulgado na página na internet de cada um dos Programas.